Pro zpracování bilance množství vody (zákon 254/2001 Sb. a vyhláška 431/3001 Sb.) je vymezeno 74 bilančních povodí a 10 bilančních oblastí. Výstupy bilance množství obsahují v měsíčním kroku v těchto povodích a oblastech údaje o atmosférických srážkách, celkovém odtoku, základním odtoku, zásobách vody ve sněhové pokrývce, změnách zásob podzemní vody a přirozených průtocích ve vybraných vodoměrných stanicích. Pro zpracování bilance jakosti povrchových vod bylo v roce 2016 použito 199 profilů shodných s předchozími roky. Provádí se dva typy hodnocení. Výstupy jsou mapy jakosti povrchových vod pro vybrané ukazatele a výsledky výpočtu látkového odnosu zvolených látek ve vybraných profilech. Pro zpracování bilance jakosti podzemních vod bylo v roce 2016 použito 1348 analýz vzorků vody odebraných při jarním a podzimním monitoringu ze 675 objektů sítě (184 pramenů a 491 vrtů). Výstupy jsou sestava ukazatelů jakosti vody porovnaných s referenčními hodnotami a mapy jakosti podzemních vod v přírodním prostředí. V této zprávě se kromě výsledků bilance množství a jakosti vod za rok 2016 nachází ještě zhodnocení výsledků za období 2014 až 2016. Výstupy hydrologické bilance jsou podkladem pro sestavení vodohospodářské bilance, kterou zajišťují příslušní správci povodí.
Vyhláška č. 252/2013 Sb. o rozsahu údajů v evidenci stavu povrchových a podzemních vod a o způsobu zpracování, ukládání a předávání těchto údajů do informačních systémů veřejné správy.